De structuur van Bepect is tweeledig, er zijn functies intern en extern.
Van buiten kijken de Certificerende Instantie (CI) en de examencommissie naar het functioneren van Bepect.

De examencommissie bestaat uit een vijftal personen die zowel vooraf als achteraf bewaken dat de regels aan de examens gehandhaafd worden. De samenstelling van de examencommissie is door Stipel en de CI gedicteerd en er moeten enkele disciplines in vertegenwoordigd zijn, te weten:
Vakinhoudelijk, Onderwijskundig, Certificering.

Bij Bepect bestaat de examencommissie uit:

• Dr. Ir. J.M. Trienekens, Certification Manager Person Certification DEKRAQuality bv,
• Drs. M. de Schiffart,
• Ing. M.H. Luikinga,
• Ing. E.S. Beukers en
• Ing B.J. Huiskes (voorzitter)

Deze commissie komt regelmatig bijeen om nieuwe examens door te nemen, de marktontwikkelingen te volgen, klachten te beoordelen, kortom om de vinger aan de pols te houden.